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個人股東轉讓股權，根據所持股權的類別，有不同的涉稅處理，股權分為流通股和非流通股，流通股又分為非流通股和限售股。
一、增值稅
個人股東轉讓非上市公司的股權，不屬于增值稅征稅范圍；個人股東轉讓上市公司的股權，屬于個人轉讓金融商品，免征增值稅。
二、印花稅
個人股東轉讓非上市公司股權的印花稅，是雙向繳納，轉讓方和受讓方均需繳納；但是個人股東轉讓上市公司的股權，則是單向收取，轉讓方繳納，因為在公開市場買賣股票受讓方是不明確的。
三、個人所得稅
個人股東轉讓非上市公司的股權，按財產轉讓所得計征個人所得稅；轉讓上市公司的股權，暫免征收個人所得稅，但是對個人轉讓上市公司限售股取得的所得，同樣按照財產轉讓所得計征個人所得稅。
財產轉讓所得按次計征，稅率為20%，計稅依據則是，以轉讓財產取得的收入額減除財產原值和合理費后的余額，為應納稅所得額。合理費用指的是轉讓時按規定支付的有關稅費，包括股權轉讓時發生的增值稅及其附加、印花稅、資產評估費、中介服務費等。
稅法依據：①《關于個人轉讓股票所得繼續暫免征收個人所得稅的通知》（財稅字〔1998〕61號），“從1997年1月1日起，對個人轉讓上市公司股票取得的所得繼續暫免征收個人所得稅。”②《關于個人轉讓上市公司限售股所得征收個人所得稅有關問題的通知》（財稅〔2009〕167號），“自2010年1月1日起，對個人轉讓限售股取得的所得，按照“財產轉讓所得”，適用20%的比例稅率征收個人所得稅。”
關于股息、紅利所得，上市公司實行差別化征收，12個月以上不用交個稅。
稅法依據：《關于上市公司股息紅利差別化個人所得稅政策有關問題的通知》（財稅〔2015〕101號），“個人從公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，持股期限超過1年的，股息紅利所得暫免征收個人所得稅。個人從公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，持股期限在1個月以內（含1個月）的，其股息紅利所得全額計入應納稅所得額；持股期限在1個月以上至1年（含1年）的，暫減按50%計入應納稅所得額；上述所得統一適用20%的稅率計征個人所得稅。”
三、案例分析
個人股東轉讓股權，主要就是個人所得稅的處理，特別是非上市企業股權。涉及的稅法依據：《關于發布《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》的公告》（國家稅務總局公告2014年第67號）。
（1）一般情況
案例：陳先生設立一人有限公司A公司，A公司實收資本1000萬元，未分配利潤600萬元，評估價格3000萬元，陳先生擬將A公司轉讓給李先生，個稅該如何繳納？
此題陳先生應繳納個稅=（3000-1000）*20%=400萬元，注意此時不能像法人股東轉讓股權一樣，計算轉讓所得時可以扣減留存收益份額，600萬留存收益不能扣減。一般來講，個人轉讓股權個稅的計繳應注意以下幾點：
①股權轉讓收入的核定
申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的。其中，被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產公允價值份額的，視為股權轉讓收入明顯偏低，主管稅務機關可以核定股權轉讓收入。
主管稅務機關核定股權轉讓收入，一般采用凈資產核定法，股權轉讓收入按照每股凈資產或股權對應的凈資產份額核定。被投資企業的土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產占企業總資產比例超過20%的，主管稅務機關可參照納稅人提供的具有法定資質的中介機構出具的資產評估報告核定股權轉讓收入。
即如果房屋、土地、知識產權、采礦權、股權五大資產占比大于20%，就需要進行評估，按評估的凈資產公允價值份額核定；如果五大資產占比小于20%，就不需要評估，按凈資產賬面價值份額核定。
股權轉讓收入明顯偏低但有正當理由的，可以豁免，包括：（一）能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；（二）繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；（三）相關法律、政府文件或企業章程規定，并有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；（四）股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
比如，企業因政策原因被政府要求關停并轉，相關轉讓方可以借用上述第一條進行籌劃；對于家族企業內部股份轉讓則可以通過第二條進行籌劃；尤其值得關注的是第三條，具有很大的籌劃空間，可以通過修改公司章程、相關協議進行“內部”低價轉讓；第四條則賦予了稅務機關很大的自由裁量權，也為部分企業提供了一定的籌劃空間。
所以，無正當理由，個人股權的交易價格是不能低于股權的評估價格（即凈資產份額的公允價值，如果五大資產占比高于20%）或對應的凈資產份額（五大資產占比低于20%）。但是存在一個問題就是，凈資產是如何界定的問題，是否是會計核算的凈資產？資產是不是可以計提減值？這個并沒有明確，現實中存在股權轉讓前突擊計提資產減值準備以降低凈資產份額逃避個稅的行為，這個還是要從會計核算的角度考慮，是否完整遵循企業會計準則并一貫執行，來判斷其合理性，突擊計提肯定是不合理的。
②納稅手續的辦理
一般是先在稅局辦完稅憑證，再去市場監督管理局辦理變更。在被轉讓公司（即A公司） 注冊地繳納，需要提供最近期報表給稅務機關，一般在工商變更登記完成下個月15日之前繳納，由被轉讓公司（即A公司）代扣代繳，若A公司不代扣代繳，可能會影響其納稅信用評級。
（2）通過個人獨資企業籌劃
案例：陳先生和李先生為A公司股東，陳先生持股40%，李先生持股60%，A公司實收資本1000萬元，未分配利潤9000萬元，評估價格4億元，上市公司F擬以4億元購買A公司股權，個稅如何處理？
陳先生應繳納個稅=（1.6億-400萬）*20%=3120萬元。
陳先生若先設立一個個人獨資企業M，把持有的A公司40%股權全部轉讓過去，個人獨資企業可以按核定征收，陳先生應繳納個稅=1.6億*3.5%=560萬。
這種是以前比較常用的個稅規避方法，主要是國家稅務總局公告2014年第67號有缺陷，該文件所講的股權轉讓是指個人將股權轉讓給其他個人或法人的行為，而個人獨資企業既不是個人也不是法人，可能不屬于67號范圍。所以個人可以平價將股權轉讓給個人獨資企業，而不需要評估價格。然后個人獨資企業可以按核定征收，這就大幅度降低稅負。
但是目前可操作空間已經很小了，個人獨資企業已經不能采用核定征收了。《關于權益性投資經營所得個人所得稅征收管理的公告》（國稅總局【2021】41號公告）第一條，“持有股權、股票、合伙企業財產份額等權益性投資的個人獨資企業、合伙企業（以下簡稱獨資合伙企業），一律適用查賬征收方式計征個人所得稅。”
（3）涉土地增值稅問題
原本股權轉讓與土地增值稅不搭界的，但現實中為了規避土地增值稅，往往會存在此種操作，以轉讓公司股權的方式變相轉讓房產、土地，這樣起到了規避土地增值稅的目的。所以個人股東股權轉讓的過程中，如不動產價值占公司凈資產的比例較大（一般認為超過50%），稅務機關可能會據此認定股權轉讓行為的實質為轉讓不動產，并對被轉讓公司征收土地增值稅，所以轉讓雙方應考慮此稅收風險。
主要依據：《關于以轉讓股權名義轉讓房地產行為征收土地增值稅問題的批復》（國稅函[2000]687號）、《關于土地增值稅相關政策問題的批復》（國稅函2009 387號文）、《關于天津泰達恒生轉讓土地使用權土地增值稅征繳問題的批復》（國稅函[2011]415號）。目前，廣西（上述前面兩個文就是批復給廣西稅局的）、貴州、湖南、遼寧、天津等地出現這種情況是肯定執行上述政策的，北上廣深等地不執行。
（4）股東代持問題
實務中，會遇到很多股東代持的情況。例如，自然人乙代自然人甲持有A有限責任公司的股權。甲與乙簽訂股權代持協議，出資也是由甲轉給乙，以乙的名義出資A公司。因A公司擬上市，甲準備從后臺轉入前臺，需要乙將股份轉讓給甲，此過程個人所得稅問題如何解決？
稅務機關是不管你是名義股東還是實際股東，只要發生股權轉讓，就要去征個人所得稅。但是實操中，也有人通過法律手段來避稅，即甲去起訴乙不返還股權，因為有股權代持協議，有出資轉款資料，法院是會支持甲勝訴，判決乙無條件返還股權給甲，這樣就可以去和稅務機關溝通，是法院判決結果，不屬于股權轉讓，但是此種手段很多稅務機關也不一定會認可。
